2023年，在院党组的大力支持下，棉花研究所实施了“棉花综合实验室建设”项目，总投资689万元，主要用于棉花综合实验室修缮、购置安装实验室基础配套设备（系统）、采购实验专用仪器设备。其中维修改造项目投资443.66万元，主要涉及房屋结构补强（含房屋结构鉴定16.75万元）、实验楼修缮1903㎡（西五楼、西配楼）、配套设施改善（污水管道、化粪池便道砖、影壁墙）、新装实验室配套设备6套（多联机空调、综合污水处理、气路系统、排风设备、气体灭火、UPS不间断电源）。设备购置项目投资245.34万元，购置科研专用仪器设备35台（套），包括荧光定量PCR仪1台，台式高速冷冻离心机1台，高通量研磨仪1台，微量核酸蛋白检测仪1台等。

      2023年11月维修改造项目及配套设施改善工程完工，2023年12月设备购置项目专用仪器设备全部到货安装完毕，经过试运行所有仪器设备工作正常，2023年12月项目正式验收，2024年3月原有仪器设备整体搬迁至综合实验室并投入使用。棉花纤维检测实验室、恒温恒湿实验室以及相关配套设备。低温保存系统部分超低温冰箱3台、人工气候箱1台位于小安舍综合试验站。

      综合实验室建筑面积1900m2，拥有主要科学仪器设备344台（套）、总价值2500余万元，其中10万元以上仪器设备50台（套），50万元以上大型仪器设备12台（套），百万级设备5台（套），包括大容量棉花检测仪、激光共聚焦显微镜、气象色谱质谱联用仪、人工气候箱、棉花收获机等。

      实验室分为一楼东基因编辑区、一楼西生理生化区、二楼东分子生物学区、二楼西细胞生物学区四个功能区，能满足分子标记辅助育种、基因挖掘、转基因、抗逆生理等方面实验需求。

      实验室内环境整洁，分区布局合理，仪器设施完备，为棉花所科技创新、重大成果培育、高层次人才培养搭建了高水平实验平台，为国家和省级重点研发项目实施提供了保障。